U upravi Tužiteljstva BiH obavljaju se pravni, administrativno-tehnički, opći i materijalno-financijski poslovi, IT poslovi, poslovi vezani za odnose s javnošću i drugi poslovi neophodni za zakonito, blagovremeno i učinkovito funkcioniranje Tužiteljstva. U upravi Tužiteljstva obezbjeđuje se i posebna podrška radu tužiteljskih odjela.

Upravom Tužiteljstva, pod nadzorom glavnog tužitelja, rukovodi tajnik Tužiteljstva i glavnom tužitelju odgovara za rad uprave. U svrhu obezbjeđivanja efikasnog rada Tužiteljstva tajnik neposredno dodjeljuje zadatke u rad.

Poslovi iz nadležnosti uprave Tužiteljstva obavljaju se u okviru sljedećih unutarnjih organizacionih jedinica:

• Kabinet glavnog tužitelja 
• Ured tajnika Tužiteljstva 
• Odjel za pravne, administrativno-tehničke i opće poslove 
• Odjel za materijalno-financijske poslove 
• Odjel za odnose s javnošću 
• Odjel za IKT i obradu elektronskog dokaznog materijala 
• Ured za posebnu podršku Odjelu III 
• Ured registrara 
• Odjel za istrage i podršku svjedocima 

Kabinet glavnog tužitelja

U Kabinetu glavnog tužitelja vode se upisnici i imenici tužiteljske uprave, obavlja rad na podjeli spisa tužiteljske uprave, vodi evidencija sastanaka i obveza glavnog tužitelja, posjeta Tužiteljstvu BiH, protokolarni poslovi, poslovi prijevoda za potrebe glavnog tužitelja, poslovi suradnje s Ministarstvom pravde i Ministarstvom spoljnih poslova na ostvarivanju kontakata glavnog tužitelja i inozemnih tužiteljstava i međunarodnih institucija. U kabinetu glavnog tužitelja također se zaprima pošta za glavnog tužitelja, primaju telefonski pozivi za glavnog tužitelja, te obavljaju drugi poslovi za glavnog tužitelja.

Ured tajnika Tužiteljstva

U Uredu tajnika Tužiteljstva obavljaju se poslovi rukovođenja, nadgledanja i koordiniranja rada svih odjela i drugih organizacionih jedinica uprave, eksterne komunikacije Tužiteljstva sa drugim tijelima, izrade nacrta i prijedloga općih akata tužiteljstva, kao i izrada pojedinačnih akata, kontroliranja računovodstveno-blagajničke dokumentacije, pružanja pomoći glavnom tužitelju kod pripreme i ovrhe proračuna, pri utvrđivanju programa rada i informacija o radu, te drugih planova i uopće pružanja pomoći glavnom tužitelju u obavljanju njegovih poslova.

Odjel za pravne, administrativno-tehničke i opće poslove

U Odjelu za pravne, druge stručne, administrativnotehničke i opće poslove obavljaju se poslovi izrade nacrta općih i drugih akata Tužiteljstva, poslovi pisarnice, administrativno-tehnički poslovi, lektorski, prevoditeljski i bibliotekarski poslovi, kadrovski poslovi, daktilografski poslovi, poslovi protokola, kurirski i drugi poslovi koji su nužni za blagovremeno, zakonito i stručno obavljanje poslova Tužiteljstva.

                                                    Odjel za materijalno-financijske poslove

U Odjelu za materijalno-financijske poslove obavljaju se poslovi koji se odnose na pripremanje i izradu proračuna, drugih financijskih planova i financijskih izvješća Tužiteljstva, obračuna plaća i naknada, računovodstveni i drugi materijalno-financijski poslovi, prethodne fiskalizacije prilikom ugovaranja i uopćeno prethodne fiskalizacije svih dokumenata iz kojih mogu proisteći prava i obveze Tužiteljstva, kao i drugi poslovi nužni za ostvarivanje funkcije Tužiteljstva.

Odjel za odnose s javnošću

Odjel za odnose s javnošću prikuplja i sistematizira sve vijesti i komentare koji su povezani s Tužiteljstvom, te o tome obavještava glavnog tužitelja, zamjenike glavnog tužitelja, druge tužitelje, tajnika Tužiteljstva, izrađuje i otprema saopćenja za tisak i informacije medijima.

Odjel za IKT i obradu elektronskog dokaznog materijala ima ključnu ulogu u razvoju informaciono-komunikacionog sustava Tužiteljstva BiH i praćenju novih informaciono-komunikacionih tehnologija i metoda, te njihovoj implementaciji u postojeći informatički sustav. U ovom odjelu vrši se i sigurnosna obrada i rukovanje digitalnim i informatičkim dokaznim materijalom, sortiranje i pohranjivanje podataka. Odjel za IKT poslove i obradu elektronskog dokaznog materijala pruža pomoć i podršku korisnicima u okviru funkcionalnosti instalirane opreme, podršku organiziranju edukacije uposlenika iz domena IKT tehnologija, kao i pomoć kod realiziranja i izvođenja digitalnih dokaza.

U Uredu za posebnu podršku Odjelu III obavljaju se poslovi podrške Odjelu III koja se ne obezbjeđuje u drugim odjelima ili organizacionim jedinicama uprave Tužiteljstva.

Ured registrara

U Uredu registrara obavljaju se poslovi podrške posebnim odjelima koja se ne obezbjeđuje u drugim odjelima i organizacionim jedinicama uprave Tužiteljstva, ostvarivanja kontakata sa MKSJ-om i kontakata sa međunarodnim donatorima.

U Odjelu za istrage i podršku svjedocima obavljaju se poslovi i poduzimaju mjere na otkrivanju i istragama kaznenih djela iz nadležnosti Tužiteljstva Bosne i Hercegovine. U okviru istraga na konkretnim predmetima u odjelu se vrši planiranje i usuglašavanje postupanja i rada na istrazi sa predmetnim tužiteljem, odnosno stručnim suradnikom Tužiteljstva BiH, koji radi po ovlasti tužitelja i OSL policijskih i drugih agencija za provedbu zakona definiranih ZKP BiH. Odjel dodatno obavlja i poslove tehničke, psihološke i druge vrste podrške svjedocima s ciljem da se obezbijedi učinkovita suradnja sa svjedokom u istrazi i tijekom kaznenog postupka, ostvaruje adekvatnu suradnju sa drugim agencijama koje vrše zaštitu svjedoka u istrazi, kako bi se svjedoku omogućilo slobodno i otvoreno svjedočenje u kaznenom postupku pred Sudom Bosne i Hercegovine. Odjel ostvaruje potrebnu suradnju unutar Tužiteljstva BiH, te sa drugim agencijama za provedbu zakona u BiH.