Prema navodima optužnice, optuženi Gani Kovači je u vremenu između izricanja pomenute presude Suda BiH i odlaska na dosuđeno izdržavanje kazne, u razdoblju od 10. 02. 2009. godine do 26. 03. 2009. godine, kao pripadnik međunarodne kriminalne organizacije koja se bavi krijumčarenjem osoba radi stjecanja protupravne imovinske koristi, sudjelovao u organiziranju, rukovođenju i realiziranju protuzakonitog prebacivanja većeg broja ilegalnih migranata s područja Kosova preko BiH, Hrvatske i Slovenije do Italije.

Optuženi je, u suradnji sa jednom ili više NN osoba s područja Kosova, organizirao dolazak i prihvat ilegalnih migranata na teritoriju BiH, područje grada Mostara, te je potom u suradnji i dogovoru s njemu poznatim osobama koordinirao njihovo prebacivanje iz BiH u Hrvatsku, a potom preko Slovenije u Italiju.

Kako se navodi u optužnici, Gani Kovači je u četiri navrata izvršio ilegalno prebacivanje migranata preko državne granice BiH i R Hrvatske u Italiju, a sve s namjerom stjecanja protupravne imovinske koristi.

Optužnica tereti Ganija Kovačija da je počinio kazneno djelo organizirani kriminal iz članka 250. stavka 1. KZ-a BiH, u svezi s kaznenim djelom krijumčarenje osoba iz članka 189. stavka 1. KZ-a BiH. 

Optužnica je proslijeđena Sudu BiH na potvrđivanje.