Prema navodima optužnice, optuženi Gani Kovači je u vremenu između izricanja pomenute presude Suda BiH i odlaska na dosuđeno izdržavanje kazne, u periodu od 10. 02. 2009. godine do 26. 03. 2009. godine, kao pripadnik međunarodne kriminalne organizacije koja se bavi krijumčarenjem osoba radi sticanja protivpravne imovinske koristi, sudjelovao u organizaciji, rukovođenju i realizaciji protivzakonitog prebacivanja većeg broja ilegalnih migranata s područja Kosova preko BiH, Hrvatske i Slovenije do Italije.

Optuženi je, u saradnji sa jednom ili više NN osoba s područja Kosova, organizovao dolazak i prihvat ilegalnih migranata na teritoriji BiH, područje grada Mostara, te je potom u saradnji i dogovoru s njemu poznatim osobama koordinirao njihovo prebacivanje iz BiH u Hrvatsku, a potom preko Slovenije u Italiju.

Kako se navodi u optužnici, Gani Kovači je u četiri navrata izvršio ilegalno prebacivanje migranata preko državne granice BiH i R Hrvatske u Italiju, a sve s namjerom sticanja protivpravne imovinske koristi.

Optužnica tereti Ganija Kovačija da je počinio krivično djelo organizirani kriminal iz člana 250. stava 1. KZ-a BiH, u vezi sa krivičnim djelom krijumčarenje ljudi iz člana 189. stava 1. KZ-a BiH. 

Optužnica je proslijeđena Sudu BiH na potvrđivanje.