Optuženi se tereti da je u vrijeme rata i oružanog sukoba u BiH, u svojstvu komandanta 3. korpusa Armije RBiH, u čijem sastavu je djelovao i odred „EL Mudžahidin“ u okviru kojeg su bili angažirani borci afro-azijskog porijekla, postupao suprotno odredbama međunarodnog humanitarnog prava i Ženevskih konvencija.

U optužnici se navodi da Sakib Mahmuljin, kao komandant korpusa, tokom 1995. godine, dok je trajala obimna operacija Armije R BiH na širem području Zavidovića i Vozuće, u okviru koje su pripadnici odreda „El Mudžahidin“ počinili ratne zločine nad ratnim zarobljenicima i civilima srpske nacionalnosti na tom području, nije ništa preduzeo kako bi spriječio navedeni zločin, iako je imao informacije da se pripadnici ovog odreda spremaju počiniti zločin i da su zločin počinili, te da nakon počinjenog zločina nije preduzeo ništa kako bi kaznio počinioce zločina.

U optužnici se navodi da su pripadnici odreda „El Mudžahidin“, među kojima i borci iz afro-azijskih zemalja, nakon zarobljavanja ratnih zarobljenika, civila i sanitetskog osoblja srpske nacionalnosti, počinili ubistvo više od 50 zarobljenika, od kojih su neki ubijeni ritualnim odsijecanjem glava zarobljenika, koje su nakon toga pokazivane drugim zarobljenicima.

U optužnici se također navodi da su pripadnici ovog odreda zlostavljali i mučili zarobljenike, odsijecali im uši i nanosili ubodne rane po raznim dijelovima tijela, vezali i premlaćivali raznim predmetima, primjenjivali izuzetno surove oblike mučenja, odnosno vezivanje zarobljenika u zgrčene položaje sa omčama oko vrata, koje bi se usljed pomjeranja stezale i gušile žrtve, u kojim su ih ostavljali više sati.

Od posljedica zlostavljanja i premlaćivanja mnoge žrtve su ostale sa trajnim posljedicama i invaliditetom.

Nakon rata posmrtni ostaci oko 10 žrtava su pronađeni, identificirani i ukopani, a za tijelima ostalih žrtava se još uvijek traga.

Optuženi Sakib Mahmuljin tereti se da je znao za ubistva i zlostavljanja zatvorenika koje je trajalo više od 15 dana, u periodu juli / august i u drugom slučaju tokom septembra 1995. godine, te da nije ništa učinio da ove zločine spriječi, zaustavi ili da kazni počinioce.

Optuženi se tereti  da je počinio krivično djelo-ratni zločin protiv ratnih zarobljenika, ratni zločin protiv ranjenika i bolesnika i ratni zločin protiv civilnog stanovništva.

Uz optužnicu je predloženo pozivanje više od 70 svjedoka optužbe, od kojih će 11 iskaze dati uz mjere zaštite i priloženo je više od 900 dokaznih materijala, kojima će tužilaštvo dokazivati krivicu optuženog.

Optužnica će biti proslijeđena Sudu BiH.