Optuženi Edin Džeko tereti se da je za vrijeme rata u BiH i u vrijeme oružanog sukoba između Armije RBiH i HVO-a, u svojstvu pripadnika Specijalnog odreda za posebne namjene Štaba Vrhovne komande Armije RBiH (SOPN ŠVK) „Zulfikar“, postupao protivno odredbama Ženevske konvencije o zaštiti civilnih osoba za vrijeme rata i postupanju sa ratnim zarobljenicima od 12.08.1949. godine.

Edinu Džeki se, između ostalog, stavlja na teret da je:

-          dana 16.04.1993. godine u jutarnjim satima, sudjelovao u dobro pripremljenom i ranije isplaniranom napadu na selo Trusina u općini Konjic, kojim je rukovodio zamjenik zapovjednika SOPN ŠVK ARBiH „Zulfikar“ Nihad Bojadžić zvani „Blek“ i „Nihko“ i koji je prije početka napada na ovo selo naredio da u selu Trusina niko ne smije ostati živ. U napadu na ovo selo, nastanjeno osobama hrvatske nacionalnosti, nije se vodilo računa o razlikovanju civilnih i vojnih ciljeva. Po okončanju napada, Nedžad Hodžić zvani „Džon Vejn“ i „Džoni“, u zaseoku Gaj sela Trusina, izdao je naredbu da se strijeljaju postrojeni pripadnici HVO-a i civili, da bi nakon izdavanja te naredbe optuženi Edin Džeko, zajedno sa Nedžadom Hodžićem, Mensurom Memićem zvanim „Menta“, Rasemom Handanović zvanom „Zolja“ i drugim njemu poznatim pripadnicima SOPN ŠVK „Zulfikar“, sudjelovao u ubojstvu strijeljanjem postrojenih vojnika HVO-a, koji su se prethodno predali. Ovom prilikom ubijena su tri pripadnika HVO-a koja su se prethodno predala i tri civila;

-          dana 16.04.1993. godine, sudjelujući u pomenutom napadu na selo Trusina, pucnjima iz vatrenog oružja lišio je života dvije starice i jednog starca hrvatske nacionalnosti;

-          dana 08.09.1993. godine u popodnevnim satima, zajedno sa pripadnicima SOPN ŠVK ARBiH „Zulfikar“ Nedžadom Hodžićem zvanim „Džon Vejn“ i „Džoni“, sa drugim pripadnicima Armije R BiH, na području općine Jablanica, sudjelovao je u protupravnom lišavanju slobode devet hrvatskih civila iz Jablanice i njihovom protupravnom zatvaranju u trap – zemunicu, koja se nalazila u kompleksu Rogića kuća u Donjoj Jablanici, tadašnjoj bazi SOPN ŠVK ARBiH „Zulfikar“. Prigodom ovog protivpravnog lišavanja slobode, zajedno sa Nedžadom Hodžićem, jednog od hrvatskih civila snažno je udarao šakama i nogama po glavi i tijelu, nanoseći mu velike patnje i povrede tjelesnog integriteta i zdravlja. Devet civila hrvatske nacionalnosti protupravno lišenih slobode, vozili su ulicama Jablanice i pred građanima muslimanske nacionalnosti, koji su se zatekli na ulicama, Edin Džeko je uzvikivao „vidite ustaša“, na što su pojedini građani reagirali pogrdnim riječima, što je kod ovih civila izazvalo duboku nelagodu, strah i sram;

-          u rujnu 1993. godine, jednog od devet zatočenih civila hrvatske nacionalnosti je izveo iz trapa - zemunice, koja se nalazila u kompleksu Rogića kuća u Donjoj Jablanici, tadašnjoj bazi SOPN ŠVK ARBiH “Zulfikar“, i odveo u Jablanicu gdje je istog, pod prijetnjom da će ga ubiti uperivši pištolj u njega, natjerao da od poznanika i rodbine uzme 3.500,00 maraka kao cijenu za njegov život i preda njemu, što je on i učinio;

-          u listopadu 1993. godine, drugog zatočenog civila hrvatske nacionalnosti je po naredbi zapovjednika Zulfikara Ališpage zvanog „Zuka“, odvezao do njegove kuće i od istog, pod prijetnjom, oduzeo 3.500,00 maraka i bocu viskija, ostavljajući ga u kući i naredivši mu da se ne smije nigdje kretati;

-          u drugoj polovici 1993. godine, na magistralnom putu Jablanica – Mostar, kod restorana Prenj, zajedno sa zamjenikom zapovjednika SOPN ŠVK AR BiH „Zulfikar“ Nihadom Bojadžićem, naredio civilima, hrvatskim zatočenicima, da se postroje na magistralni put, dok su istodobno oko njih padale granate sa HVO položaja, uzvikujući „ako se pomaknete ubićemo vas, a ako se ne pomaknete neka vas HVO pobije“. Na ovom je mjestu, u više navrata, u rujnu i listopadu 1993. godine, zajedno sa drugim, njemu poznatim, pripadnicima SOPN ŠVK ARBiH Zulfikar, rukama i nogama po raznim dijelovima tijela udarao dvojicu zatočenih hrvatskih civila, kada bi išli ili se vraćali sa objeda;

-          u rujnu 1993. godine, u kompleksu Rogića kuća u Donjoj Jablanici, tadašnjoj bazi SOPN ŠVK ARBiH Zulfikar, naredio je trojici, njemu poznatih pripadnika SOPN ŠVK ARBiH “Zulfikar“, da jednog zatočenika hrvatske nacionalnosti udaraju letvama, betonskim blokovima, stavljaju mu glavu u bure puno vode, što su isti i učinili više puta, dok im je on iz neposredne blizine govorio ˝ubijte ga, ubijte ga˝, što je ovom zatočeniku prouzročilo snažnu tjelesnu bol.

Optuženi Edin Džeko tereti se da je za vrijeme rata i oružanog sukoba, kršeći pravila međunarodnog prava, sudjelovao u ubojstvu, mučenju, nečovječnom postupanju, protuzakonitom zatvaranju i pljačkanju imovine civila i ratnih zatočenika, čime je počinio kazneno djelo ratni zločin protiv civilnog pučanstva iz članka 173. stavak 1. točke c) e) i f) i ratni zločin protiv ratnih zarobljenika iz članka 175. stavak 1. točka a), u svezi sa člankom 180. stavak 1. Kaznenog zakona BiH i člankom 29. istog Zakona.

Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH.