Парламент Босне и Херцеговине је у октобру 2003 године усвојио Закон о Тужилаштву Босне и Херцеговине, који је донесен одлуком Високог представника у августу 2002 године. Прва четири домаћа тужиоца у Тужилаштву Босне и Херцеговине су изабрана 16. јануара 2003. године. Првог међународног тужиоца у Посебном одјелу за организирани, привредни криминал и корупцију, у склопу Тужилаштва Босне и Херцеговине, именовао је Високи представник у марту 2003. године.
Најавом стратегије затварања Међународног суда за бившу Југославију 2003. године било је јасно да би Суд Босне и Херцеговине и Тужилаштво Босне и Херцеговине требали имати овласти за процесуирање ратних злочина и да би требали преузети предмете ратних злочина из Трибунала у Хагу. С тим циљем је 2004. године направљен нацрт пакета правних аката, који је и усвојен на Парламенту Босне и Херцеговине у децембру 2004. године. У јануару 2005. године, успостављен је трећи одјел/ Одјел за ратне злочине, унутар Тужилаштва Босне и Херцеговине који се бави процесуисањем починилаца ратних злочина.