Parlament Bosne i Hercegovine je u oktobru 2003 godine usvojio Zakon o Tužilaštvu Bosne i Hercegovine, koji je donesen odlukom Visokog predstavnika u augustu 2002 godine. Prva četiri domaća tužioca u Tužilaštvu Bosne i Hercegovine su izabrana 16. januara 2003. godine. Prvog međunarodnog tužioca u Posebnom odjelu za organizirani, privredni kriminal i korupciju, u sklopu Tužilaštva Bosne i Hercegovine, imenovao je Visoki predstavnik u martu 2003. godine.
Najavom strategije zatvaranja Međunarodnog suda za bivšu Jugoslaviju 2003. godine bilo je jasno da bi Sud Bosne i Hercegovine i Tužilaštvo Bosne i Hercegovine trebali imati ovlasti za procesuiranje ratnih zločina i da bi trebali preuzeti predmete ratnih zločina iz Tribunala u Hagu. S tim ciljem je 2004. godine napravljen nacrt paketa pravnih akata, koji je i usvojen na Parlamentu Bosne i Hercegovine u decembru 2004. godine. U januaru 2005. godine, uspostavljen je treći odjel/ Odjel za ratne zločine, unutar Tužilaštva Bosne i Hercegovine koji se bavi procesuiranjem počinilaca ratnih zločina.