Uzimajući u obzir da „strategija okončanja rada“ sprječava MKSJ da u potpunosti ispuni mandat koji mu je povjeren Rezolucijom 808 Vijeća sigurnosti UN-a da kazneno goni „osobe odgovorne za teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava koja su počinjena na području bivše Jugoslavije od 1991. god.“, te je obzirom na događaje u Bosni i Hercegovini (koja je bila poprište najtežih, najrasprostranjenijih i najsistematičnijih zločina), taj mandat ustupljen nadležnim institucijama u BiH kada su osumnjičeni nižeg i srednjeg ranga.
Tužiteljstvo MKSJ i Tužiteljstvo Bosne i Hercegovine, imajući u vidu da Odjel za ratne zločine Tužiteljstva Bosne i Hercegovine neće biti u stanju obavljati svoju funkciju u ovom procesu bez pomoći Tužiteljstva MKSJ, zaključili su u rujnu 2005. godine „Memorandum o razumijevanju između Tužiteljstva Međunarodnog kaznenog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) i Tužiteljstva Bosne i Hercegovine-Posebni odjel za ratne zločine“, kojim potpisnice reguliraju međusobnu suradnju u pogledu zahtjeva za pomoć, pristupa dokumentima, pristupa izjavama svjedoka, kontakta sa svjedocima i svjedocima za koje postoje zaštitne mjere, pristupa izvještajima, vještacima itd.
Memorandum o razumijevanju između Tužiteljstva BiH i MKSJ